Bioinformatiker

The University of Gothenburg tackles society’s challenges with diverse knowledge. 56 000 students and 6 600 employees make the university a large and inspiring place to work and study. Strong research and attractive study programmes attract researchers and students from around the world. With new knowledge and new perspectives, the University contributes to a better future.Description of the DDLS program: This project is funded by the Knut and Alice Wallenberg Foundation. As a postdoc, you will be part of the Data-Driven Life Science (DDLS) consortium. DDLS uses data, computational methods, and artificial intelligence to study biological systems and processes at all levels. The program aims to recruit and train the next generation of researchers in data-driven life science and create globally leading competence in computational and data science for life science in Sweden. The program has SEK 3.1 billion in funding over 12 years. Subject area  Postdoctor in Bacterial genomics. Subject area description  Astrid von Mentzer studies the evolution of pathogenic E. coli, particularly ETEC. We use genomics and experiments to understand bacterial development and spread. Our research identifies genetic elements driving virulence and resistance, and examines E. coli transmission between humans, animals, and the environment. Duties  We are seeking a highly motivated postdoctoral researcher with expertise in microbial genomics, machine learning, and data science. You will contribute to projects focused on mapping and characterizing the mobilome of pathogenic E. coli and developing predictive models for their transmission dynamics. Key responsibilities include: • Analyzing large-scale genomic datasets to understand genetic elements driving antibiotic resistance and virulence • Developing and refining machine learning models to predict coli strain transmission and emergence • Creating high-throughput bioinformatic pipelines • Collaborating with international research partners This position offers a unique opportunity to work on projects with significant implications for global health, with possibilities for research exchanges with partner institutions. Eligibility  The eligibility criteria for employing teaching staff are set out in Chapter 4 of the Higher Education Ordinance and in the Appointment Procedure for Teaching Posts at the University of Gothenburg To be eligible for appointment as a postdoc, the applicant is required to have a doctoral degree, a doctoral degree in art or a foreign degree that is deemed to be equivalent to a doctoral degree. This eligibility requirement must be met before the employment decision is made.  In the first instance, those who have completed their degree no more than three years prior to the end of the application period shall be considered. Those who have completed their degree more than three years prior to the end of the application period may also be considered in the first instance if special grounds exist. Special grounds relate to leave of absence due to illness, parental leave, commissions of trust within union organisations, service within the defence services or other similar circumstances, as well as clinical service or service/assignment relevant to the subject area.   Assessment criteria      The successful candidate must have: • A PhD in bioinformatics, computational biology, or a related field • Strong background in large-scale data analysis within life sciences • Excellent communication skills in English, both written and verbal • Experience in microbial genomics and mobilomics (advantageous) • Knowledge of machine learning techniques applied to genomic data (advantageous) • Ability to work both independently and as part of a team Assessment: We will assess candidates based on their scientific skills, creativity, and potential for development. Experience in international collaboration, strong publication record, and the ability to attract research funding are highly meritorious. Interest in student supervision and teaching is an advantage. Employment  The employment is full time and temporary, two years with the possibility of one year's extension, with placement at the Institute of Biomedicine. First day of employment as agreed. Selection process  How to apply: https://www.gu.se/en/work-at-the-university-of-gothenburg/how-to-apply Contact information  If you have any questions about the position, please contact researcher Astrid von Mentzer, phone +46 (0) 769 410890, mail [email protected] website: vonmentzerlab.com Unions  Union representatives at the University of Gothenburg can be found here: https://www.gu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss/hjalp-for-sokande  Application  Submit your application via the University of Gothenburg’s recruitment portal by clicking the “Apply” button. It is your responsibility to ensure that the application is complete as per the vacancy notice, and that the University receives it by the final application deadline.   The application should contain: - A cover letter giving a brief description of previous research experience, and a motivation to why you are applying - A CV including a list of publications including three selected papers where you describe your role - Contact details of two references - Proof of completed PhD Applications must be received by: 2024-10-02 Information for International Applicants  Choosing a career in a foreign country is a big step. Thus, to give you a general idea of what we and Gothenburg have to offer in terms of benefits and life in general for you and your family/spouse/partner please visit:  https://www.gu.se/en/about-the-university/welcome-services  https://www.movetogothenburg.com/  The University works actively to achieve a working environment with equal conditions, and values the qualities that diversity brings to its operations. Salaries are set individually at the University. In accordance with the National Archives of Sweden’s regulations, the University must archive application documents for two years after the appointment is filled. If you request that your documents are returned, they will be returned to you once the two years have passed. Otherwise, they will be destroyed. In connection to this recruitment, we have already decided which recruitment channels we should use. We therefore decline further contact with vendors, recruitment and staffing companies.

Göteborgs universitet möter samhällets utmaningar med mångsidig kunskap. 56 000 studenter och 6 600 medarbetare gör universitetet till en stor och inspirerande arbetsplats. Stark forskning och attraktiva utbildningar lockar forskare och studenter från hela världen. Med ny kunskap och nya perspektiv bidrar Göteborgs universitet till en bättre framtid.Avdelningen för mikrobiologi och immunologi, där denna postdoktorala tjänst är baserad, bedriver utbildning och forskning inom infektion och immunitet. Vårt arbete omfattar bakteriella och virala patogener, storskalig mikrobiell genomik, slemhinneimmunitet, immunreglering vid kroniska inflammationer och tumörer, samt vaccinutveckling. Beskrivning av DDLS-programmet Detta projekt finansieras av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. Som postdoktor kommer du att vara en del av konsortiet för Datadriven livsvetenskap (DDLS). DDLS använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer. Programmet syftar till att rekrytera och utbilda nästa generation av forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,1 miljarder kronor i finansiering över 12 år Ämne  Postdoktor i bakteriell genomik. Ämnesbeskrivning  Astrid von Mentzer studerar evolutionen av patogena E. coli, särskilt ETEC. Vi använder genomik och experiment för att förstå bakteriernas utveckling och spridning. Vår forskning identifierar genetiska element som driver virulens och resistens, och undersöker E. coli-överföring mellan människor, djur och miljö. Arbetsuppgifter  Vi söker en högt motiverad postdoktoral forskare med expertis inom mikrobiell genomik, maskininlärning och datavetenskap. Du kommer att bidra till projekt som fokuserar på att kartlägga och karakterisera mobilomet hos patogena E. coli och utveckla prediktiva modeller för deras överföringsdynamik. Huvudansvar inkluderar: • Analys av storskaliga genomiska dataset för att förstå genetiska element som driver antibiotikaresistens och virulens • Utveckling och förfining av maskininlärningsmodeller för att förutsäga överföring och uppkomst av E. coli-stammar • Skapande av högeffektiva bioinformatiska pipelines • Samarbete med internationella forskningspartners Denna position erbjuder en unik möjlighet att arbeta med projekt som har betydande konsekvenser för global hälsa, med möjligheter till forskningsutbyten med partnerinstitutioner partnerinstitutioner. Behörighet   Behörighet för anställning som lärare regleras i Högskoleförordningen 4 Kap och Göteborgs universitets anställningsordning.  Behörig att anställas som postdoktor är den som har avlagt doktorsexamen, konstnärlig doktorsexamen eller som har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. I första hand bör den komma i fråga som har avlagt examen högst tre år före ansökningstidens utgång. Även den som avlagt examen tidigare bör komma i fråga i första hand, om det finns särskilda skäl. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.  Bedömningsgrunder  Kandidaten ska ha: • En doktorsexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi eller ett relaterat område • Stark bakgrund inom storskalig dataanalys inom livsvetenskaper • Utmärkta kommunikationsförmågor på engelska, både skriftligt och muntligt • Erfarenhet av mikrobiell genomik och mobilomik (meriterande) • Kunskap om maskininlärningstekniker tillämpade på genomiska data (meriterande) • Förmåga att arbeta både självständigt och som en del av ett team Bedömning: Vi kommer att bedöma kandidater baserat på deras vetenskapliga färdigheter, kreativitet och utvecklingspotential. Erfarenhet av internationellt samarbete, stark publiceringsmerit och förmåga att attrahera forskningsfinansiering är starkt meriterande. Intresse för handledning av studenter och undervisning är en fördel  Bedömningsgrunder vid anställning som lärare finns angivna i 4 kap 3 – 4 § högskoleförordningen samt Göteborgs universitets egen anställningsordning. Anställning  Anställningen är på heltid och tidsbegränsad, två år med möjlighet till ett års förlängning, med placering tills vidare på institutionen för biomedicin. Tillträde sker enligt överenskommelse. Tillsättningsförfarande  Hjälp för jobbsökande: https://www.gu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss/hjalp-for-sokande#S%C3%A5-h%C3%A4r-g%C3%A5r-rekryteringsprocessen-till % Kontaktuppgifter för anställningen  Har du frågor om anställningen är du välkommen att kontakta forskare Astrid von Mentzer, tele, +46 (0) 769 410890, mail [email protected]  hemsida: vonmentzerlab.com Fackliga organisationer  Fackliga företrädare vid Göteborgs universitet hittar du här: https://www.gu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss/hjalp-for-sokande  Ansökan  Du söker anställningen via Göteborgs universitets rekryteringsportal genom att klicka på knappen ”Ansök”. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.   Ansökan ska innehålla: • Ett personligt brev med motivering till varför du söker tjänsten • CV som inkluderar vetenskapliga publikationer • Kopia på bevis för doktorsexamen • Två referenser med kontaktuppgifter Ansökan ska vara inkommen senast: 2024-10-02 Universitetet arbetar aktivt för en arbetsmiljö med jämställda förhållanden och sätter värde på de kvalitéer mångfald tillför verksamheten. Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Enligt Riksarkivets föreskrifter är universitetet skyldigt att förvara ansökningshandlingar i två år efter tillsättningsbeslutet. Om du som sökande till en anställning särskilt begär tillbaka dina handlingar återsänds de när de två åren har förflutit, i annat fall kommer de att gallras ut. Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Göteborgs universitet anlitar upphandlad annonsbyrå i samband med rekrytering av personal. Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av jobbannonser.

Göteborgs universitet möter samhällets utmaningar med mångsidig kunskap. 56 000 studenter och 6 600 medarbetare gör universitetet till en stor och inspirerande arbetsplats. Stark forskning och attraktiva utbildningar lockar forskare och studenter från hela världen. Med ny kunskap och nya perspektiv bidrar Göteborgs universitet till en bättre framtid.Institutionen för kemi och molekylärbiologi bedriver högkvalitativ forskning och utbildning inom kemiska vetenskaper och molekylära livsvetenskaper. Vår forskning och utbildning fokuserar på en djup förståelse av kemiska och biologiska processer i celler och i miljön. Vi ansvarar för forskarutbildning inom ämnesområdet Naturvetenskap med inriktning mot kemi, biofysik, biologi och utbildningsvetenskap. Därtill är institutionen värd för utbildningsprogram i molekylärbiologi, genomik och systembiologi, kemi, organisk kemi och läkemedelskemi samt receptarieutbildningen.  Institutionen är en internationell miljö med tvärvetenskapliga samarbeten inom både forskning och utbildning, och bidrar starkt till Göteborgs universitets topprankning inom life science. Institutionens verksamhet bedrivs i Natrium, Medicinareberget i Göteborg.  Kaisa Thorells grupp studerar Helicobacter pylori och värd-patogeninteraktion med fokus på bioinformatisk analys av bakteriell omics-data. H. pylori är en bakterie som kroniskt koloniserar magsäcken på ungefär halva jordens befolkning och som kan ge upphov till magsår och magsäckscancer. Antibiotikaresistensen hos H. pylori ökar snabbt och mer kunskap behövs kring dess förmåga att ge upphov till sjukdom och hur den interagerar med magsäcksslemhinnan. Vi studerar stora dataset av bland annat helgenomsekvenser av bakterier från olika delar av världen och med olika sjukdomsprofiler och arbetar även med att karakterisera bakteriella isolat och dess interaktion med humanceller genom RNA-sekvensering, proteomik, glykomik och andra storskaliga dataanalyser. Dr Thorell är nyligen rekryterad PI inom det svenska Data Driven Life Science (DDLS)-inititativet och projektet kommer att bedrivas inom ramen för DDLS. Arbetsuppgifter  Arbetsuppgifterna kommer huvudsakligen att involvera karakterisering av en ny typ av Helicobacter pylori som vi nyligen upptäckt i regioner med hög magsäckscancerrisk (Tourrette, …, Thorell, Falush, BioRxiv, 2024). Kandidaten kommer att vara ansvarig för mikrobiologiskt arbete och jämförande analyser av olika bakteriestammar. Vi kommer framför allt att inrikta oss på genreglering samt yttermembranproteiner involverade i värd-mikrobinteraktion inklusive bakteriell bindning samt hur den diversiteten på gennivå påverkar bakteriernas förmåga att binda ligander på magsäckscellernas yta. Kvalifikationer  Krav utbildning, kunskaper och erfarenheter, personliga egenskaper • Mastersexamen inom mikrobiologi, molekylärbiologi eller liknande motsvarande utländsk examen är ett krav. Examen måste vara utfärdad senast när anställningen påbörjas. • Du ska ha tidigare erfarenhet av att odla Helicobacter pylori, inklusive att karakterisera yttermembranproteiner och reglering av dessa gener. • Du ska ha tidigare erfarenhet av molekylärbiologiska metoder för att mäta genuttryck. • Du ska ha arbetat med interaktioner mellan Helicobacter pylori och dess värdceller och/eller andra bakterier. • För tjänsten är det ett krav att ha mycket goda kommunikationsförmåga på engelska, både muntligt och skriftligt då engelska är arbetsspråk. Meriterande utbildning, kunskaper och erfarenheter, personliga egenskaper Som person ska du vara högmotiverad, ha välutvecklad problemlösningsförmåga och kunna arbeta både självständig och i grupp. Det är dessutom meriterande om du har: • Erfarenhet inom dataanalys av bioinformatisk data i tex R och PyMOL • Erfarenhet av jämförande proteomik eller genomik • Intresse av att arbeta med storskalig data som RNA-sekvensering Gruppen är nybildad och med engagerade och ambitiösa kollegor i en kreativ, internationell och dynamisk forskningsmiljö. Vi har ett starkt samarbetsfokus där du kommer att ha möjligheten att delta i och bidra med din erfarenhet i flera olika projekt. Stor vikt kommer läggas på personlig lämplighet och god samarbetsförmåga. Anställning  Anställningen är särskild visstidsanställning, 360 dagar på heltid, 100% med placering vid institutionen för kemi och molekylärbiologi. Kontaktuppgifter för anställningen  Har du frågor om anställningen är du välkommen att kontakta biträdande universitetslektor, Kaisa Thorell, e-post: [email protected] telefon: +46(0)703-212946 Fackliga organisationer  Fackliga företrädare vid Göteborgs universitet hittar du här: https://www.gu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss/hjalp-for-sokande  Ansökan  Du söker anställningen via Göteborgs universitets rekryteringsportal genom att klicka på knappen "Ansök". Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.  Ansökan skall innehålla: • Examensbevis - det skall vara styrkt • CV inklusive ev publikationslista. • Kort personligt brev som förklarar varför du söker den här tjänsten • Kontaktuppgifter till två referenspersoner Ansökan ska vara inkommen senast: 2024-09-26   Universitetet arbetar aktivt för en arbetsmiljö med jämställda förhållanden och sätter värde på de kvalitéer mångfald tillför verksamheten. Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Enligt Riksarkivets föreskrifter är universitetet skyldigt att förvara ansökningshandlingar i två år efter tillsättningsbeslutet. Om du som sökande till en anställning särskilt begär tillbaka dina handlingar återsänds de när de två åren har förflutit, i annat fall kommer de att gallras ut. Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Göteborgs universitet anlitar upphandlad annonsbyrå i samband med rekrytering av personal. Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av jobbannonser.

For more information about the vacancy https://liu.se/en/work-at-liu/vacancies/25160 Work assignments  In this position, you will develop a new framework for cryo-EM analysis in collaboration with another lab, using python and compiled languages for machine-learning using high-performance kernels targeting national super-computing infrastructure. You will also develop methods to integrate tools of cryo-EM analysis into this framework, add new functionality and investigate their use in the study of macromolecular biology. There are also opportunities for national and international collaboration in both software development and applied biological research.  As postdoc, you will principally carry out research. A certain amount of teaching may be part of your duties, up to a maximum of 20% of working hours. Qualifications To be qualified to take employment as postdoc, you must have been awarded a doctoral degree or have a foreign degree that is deemed to be equivalent to a doctoral degree.  This degree must have been awarded at the latest by the point at which LiU makes its decision to employ you. It is considered advantageous if your doctoral degree is no older than three years at application deadline for this job. If there are special reasons for having an older doctoral degree – such as taking statutory leave – then these may be taken into consideration. We are looking for someone with experience in producing high-performance data-intensive software in a collaborative setting. You will be expected to be resourceful and innovative in developing and optimizing software performance, prioritize robustness and fidelity in its results, continually develop a quality assurance pipeline through continuous integration and testing, and scrutinize your own works as well as that of others in the team. As a postdoc you will also be expected to mentor doctorate students, and actively participate in ongoing research collaborations. You will be allotted time and resources to develop your own career goals and encouraged to cultivate your own ideas and collaborations that relate to or extend your research in the group. Experience in structural biology or bioinformatics is not required. You will be given some time to acquaint yourself with this in practice, should you want to. The workplace The team is based in the Bioinformatics division within the Department of Physics, Chemistry and Biology (IFM) at Linköping University. The employment This employment is a temporary contract of two years with the possibility of extension up to a total maximum of three years. The employment is full-time. Starting date by agreement. Salary and employment benefits The university applies individual salaries. More information about employee benefits is available https://liu.se/en/work-at-liu/employee-benefits.  Union representatives Information about union representatives, see https://liu.se/en/work-at-liu/help-for-applicants. Application procedure Your application must be received no later than 30 September, 2024. We welcome applicants with different backgrounds, experiences and perspectives - diversity enriches our work and helps us grow. Preserving everybody's equal value, rights and opportunities is a natural part of who we are. Read more about our work with: Equal opportunities. We look forward to receiving your application! Linköping university has framework agreements and wishes to decline direct contacts from staffing- and recruitment companies as well as vendors of job advertisements.

Vi har kraften från över 40 000 studenter och medarbetare. Studenter som ger framtidshopp. Medarbetare som varje dag bidrar till att Linköpings universitet tar sig an samtidens utmaningar. Vår värdegrund vilar på trovärdighet, tillit och trygghet. Genom att vara modiga, tänka fritt och göra nytt skapar vi tillsammans, med stora och små handlingar, en bättre framtid. Välkommen att söka jobb hos oss! Dina arbetsuppgifter I den här tjänsten kommer du att utveckla ett nytt ramverk för kryo-EM-analys i samarbete med ett annat labb, med hjälp av python och kompilerade språk för maskininlärning med högpresterande programkod som riktar sig mot nationell superdatorinfrastruktur. Du kommer också att utveckla metoder för att integrera verktyg för kryo-EM-analys i detta ramverk, lägga till ny funktionalitet och undersöka deras användning i studien av makromolekylärbiologi. Det finns också möjligheter till nationellt och internationellt samarbete inom både mjukvaruutveckling och tillämpad biologisk forskning.   Som postdoktor kommer du i huvudsak bedriva forskning. Även undervisning kan ingå i arbetsuppgifterna, dock till högst en femtedel av arbetstiden.  Dina kvalifikationer För att vara behörig till anställning som postdoktor  har du avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Din examen ska vara avlagd senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om din examen är avlagd högst tre år före sista ansökningsdag för denna anställning. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare, exempelvis vid olika typer av lagstadgade ledigheter. Vi söker dig som har erfarenhet av att producera högpresterande dataintensiv programvara i en samarbete med andra. Du förväntas vara påhittig och innovativ när det gäller att utveckla och optimera programvarans prestanda, prioritera robusthet och korrekthet i resultaten, kontinuerligt utveckla en kvalitetssäkringspipeline genom kontinuerlig integration och testning, samt att granska ditt eget arbete såväl som andras. Som postdoktor förväntas du också vara mentor för doktorander och aktivt delta i pågående forskningssamarbeten. Du kommer att tilldelas tid och resurser för att utveckla dina egna karriärmål och uppmuntras att utveckla dina egna idéer och samarbeten som relaterar till eller bygger vidare på din forskning i gruppen. Erfarenhet av strukturbiologi eller bioinformatik är inte ett krav. Du kommer att få tid att bekanta dig med detta i praktiken. Din arbetsplats Strukturell bioinformatik betraktar molekylär struktur genom data, vilket omfattar maskininlärningsverktyg som AlphaFold, informationen i storskaliga databaser över DNA-sekvenser och genetisk evolution, samt mining av mikroskopidata genom bildanalys. Forskargruppen som leds av Björn Forsberg vid Linköpings universitet fokuserar sina ansträngningar på elektronmikroskopidata (cryo-EM och cryo-ET), som rekonstruerar 3D-modeller av protein, DNA och andra biomolekyler. Specifikt utvecklas och implementeras nästa generations verktyg för rigorösa och systematiska metoder för att kvantifiera heterogenitet i 3D-kryo-EM-rekonstruktioner. Detta ämnesområde innebär att vi använder en mängd olika metoder för statistik, datavetenskap och maskininlärning. Vi arbetar med samarbetspartners över hela världen för att tillämpa våra metoder på innovativa forskningsprojekt och experimentella data och tror på att utveckla allmänt tillämpliga öppna verktyg och paket som kan användas av det bredare vetenskapliga samfundet. Teamet är baserat på avdelningen för bioinformatik vid Institutionen för fysik, kemi och biologi (IFM) vid Linköpings universitet, och har stöd av programmet för datadriven life science (DDLS) genom Science for Life Laboratory (SciLifeLab). DDLA är ett 12-årigt initiativ finansierat med totalt 3,1 miljarder kronor (~300 miljoner euro) från Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse för att rekrytera och utbilda nästa generations datadrivna biovetare och för att skapa globalt ledande beräknings- och datavetenskapsförmågor inom biovetenskap i Sverige. Programmet är ett nav för tvärvetenskaplig biovetenskap, tvärvetenskapligt arbete och engagemang med industri, hälso- och sjukvård och andra nationella och internationella partners. Teamet stöder och utnyttjar också den nationella anläggningen för kryo-EM-mikroskopi vid SciLifeLab Solna och Umeå, och använder den modernaste superdatorinfrastrukturen i Sverige (Berzelius@NSC). Nära samarbeten finns inom institutionen med Nicholas Pearce för makromolekylär variabilitetsanalys, och Björn Wallner och Claudio Mirabello för struktur- och ensembleprediktionsmetoder. Internationella samarbeten sträcker sig till bl.a. Chan-Zuckerberg Imaging Institute i San Francisco och University of Oxford.   Om anställningen Anställningen är en tidsbegränsad anställning på två år med möjlighet till förlängning med en sammanlagd anställningstid på högst tre år. Anställningen som postdoktor är på heltid. Tillträde enligt överenskommelse.  Lön och förmåner Universitetet tillämpar individuell lönesättning, lämna löneanspråk i din ansökan. Läs mer om förmåner för anställda här. Fackliga kontaktpersoner Information om fackliga kontaktpersoner, se Hjälp för sökande. Ansökan Du söker denna anställning genom att klicka på knappen ”Ansök” nedan. Din ansökan ska vara Linköpings universitet tillhanda senast den 30 september, 2024. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag beaktas ej. Vi välkomnar sökande med olika bakgrund, erfarenheter och perspektiv, det berikar och utvecklar vår verksamhet. För oss är det självklart att värna om allas lika värde, rättigheter och möjligheter. Läs om vårt arbete med Lika villkor. Välkommen med din ansökan! Linköpings universitet har upphandlade avtal och undanber oss direktkontakt från bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.

Vi har kraften från över 40 000 studenter och medarbetare. Studenter som ger framtidshopp. Medarbetare som varje dag bidrar till att Linköpings universitet tar sig an samtidens utmaningar. Vår värdegrund vilar på trovärdighet, tillit och trygghet. Genom att vara modiga, tänka fritt och göra nytt skapar vi tillsammans, med stora och små handlingar, en bättre framtid. Välkommen att söka jobb hos oss! Dina arbetsuppgifter Vi fokuserar på att förstå biomolekylära strukturer, deras dynamik och ensembler på molekylär nivå. Som en del av vårt team kommer du att utveckla beräkningsmetoder för att analysera och förutsäga proteinstrukturer, genom att integrera experimentella data för att förbättra våra modeller. En nyckelkomponent i detta projekt är att använda AI, särskilt AlphaFold, för att optimera och förbättra våra strukturförutsägelser och förstå biomolekylers dynamiska natur. Som postdoktor kommer du i huvudsak bedriva forskning. Även undervisning kan ingå i arbetsuppgifterna, dock till högst en femtedel av arbetstiden.  Dina kvalifikationer För att vara behörig till anställning som postdoktor har du avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Din examen ska vara avlagd senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om din examen är avlagd högst tre år före sista ansökningsdag för denna anställning. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare, exempelvis vid olika typer av lagstadgade ledigheter. Du ska ha en doktorsexamen inom bioinformatik, datavetenskap eller life-science med kunskaper inom AI kopplat till biologiska makromolekylers 3d-struktur. Det är meriterande om du har erfarenheter från att ha jobbat med AlphaFold, OpenFold, eller RoseTTaFold och känner till deras interna arkitektur. Du är flytande i Python, och kan analysera stora datamängder. Du har erfarenheter från maskininlärning och kan använda maskininlärningsramverk, helst JAX. Det är en stor merit om du har tränat neurala nätverk kopplat till biologiska makromolekyler 3d-struktur. Det är en fördel om du har erfarenheter från olika samplingsmetoder för att generera olika konformationstillstånd, även om det inte är ett krav. Det är också en stor fördel om du har erfarenheter av storskaliga beräkningar på datakluster, och det är en klar merit om du har lyckats krascha minst ett stort datorkluster. Vetenskaplig nyfikenhet och förmågan att tänka självständigt är avgörande personliga egenskaper hos en kandidat. Du förväntas samarbeta med kollegor och bidra till att stödja forskningsgruppens aktiviteter. Du måste också ha utmärkta muntliga och skriftliga kommunikationsfärdigheter på engelska. Du bör trivas med att arbeta som en del av ett team och vara villig att lära av dina kollegor och att dela med dig av din kunskap och erfarenhet. Din arbetsplats Du kommer att arbeta i strukturbioinformatikgruppen vid Bioinformatikavdelningen, IFM (Institutionen för fysik, kemi och biologi) vid Linköpings universitet. Gruppen består av engagerade och motiverade forskare, doktorander, postdoktorer och seniora forskare, alla engagerade i att främja området för strukturbioinformatik. Teamet betonar mentorskap och professionell utveckling, vilket ger personlig vägledning och stöd för att hjälpa forskare att nå sin fulla potential. Om anställningen Anställningen är en tidsbegränsad anställning på två år med möjlighet till förlängning med en sammanlagd anställningstid på högst tre år. Anställningen som postdoktor är på heltid. Tillträde enligt överenskommelse.  Lön och förmåner Universitetet tillämpar individuell lönesättning, lämna löneanspråk i din ansökan. Läs mer om förmåner för anställda här. Fackliga kontaktpersoner Information om fackliga kontaktpersoner, se Hjälp för sökande. Ansökan Du söker denna anställning genom att klicka på knappen ”Ansök” nedan. Din ansökan ska vara Linköpings universitet tillhanda senast den 25 september, 2024. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag beaktas ej. Vi välkomnar sökande med olika bakgrund, erfarenheter och perspektiv, det berikar och utvecklar vår verksamhet. För oss är det självklart att värna om allas lika värde, rättigheter och möjligheter. Läs om vårt arbete med Lika villkor. Välkommen med din ansökan! Linköpings universitet har upphandlade avtal och undanber oss direktkontakt från bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet? Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. MTC har cirka 40 forskargrupper och våra nyckelord är multidisciplinära, överbryggande, nationella och internationella samarbeten. Forskargrupp En tjänst som bioinformatiker finns tillgänglig i laboratoriet för immunbristsjukdomar under ledning av Dr Lisa Westerberg (https://ki.se/en/research/research-areas-centres-and-networks/research-groups/immunodeficiency-diseases-lisa-westerberg-group#tab-publikationer). Westerberg lab ligger i den toppmoderna byggnaden Biomedicum med delad infrastruktur för avancerade teknologiplattformar och byggt för tvärvetenskapliga samarbeten. Pågående forskning är inriktad på att förstå de molekylära mekanismerna för utveckling av immunbristsjukdomar med hög förekomst av autoimmunitet och cancer. Din roll Som bioinformatiker kommer du att delta i flera forskningsprojekt för att undersöka förändringar i genuttryck, kromatinstruktur och DNA-skador med specifikt fokus på mutationer i aktinreglerande proteiner i patient- och experimentella prover. I arbetsuppgifterna ingår att analysera RNAseq och ChIP-Seq data från celler med olika mutationer såsom i aktinreglerande proteiner. Du kommer att integrera och analysera scRNAseq-data från patienter med immunbrist och lymfom. Vidare innebär rollen att samarbeta med andra forskare och doktorander i labbet om olika dataanalysprojekt, vilket bidrar till design och genomförande av bioinformatiska arbetsflöden, dataanalystekniker och projektutveckling. Vem är du? Vi välkomnar ansökningar från kandidater med doktorsexamen eller motsvarande examen inom bioinformatik, biovetenskap, datavetenskap eller andra liknande områden. Den ideala kandidaten förstår relevanta statistiska/beräkningsmetoder och har erfarenhet av high-throughput beräkning och datavisualisering och kan extrahera biologiskt relevanta data och hjälpa till att identifiera de molekylära mekanismerna. Kandidaten har ett stort intresse av att applicera datadriven forskning med experimentella metoder, är inriktad på problemlösning och kan arbeta i ett internationellt och mångsidigt forskarteam. Utöver ovanstående krav för tjänsten: - Erfarenhet av analys av nästa generations sekvenseringsdata, såsom RNA-seq, ChIP-seq eller ATAC-seq data, med dokumenterad publikation(er) - Goda kunskaper i Linux-miljö med erfarenhet av skalskript och minst ett programmeringsspråk, såsom Python, Perl eller Java - Expertis inom R och statistik - En stark bakgrund inom molekylär- och cellbiologi samt immunologi - Visad förmåga att tolka komplexa data och översätta dem till biologiskt relevanta fynd - Utmärkt kommunikationsförmåga och motivation att arbeta tillsammans - Förmåga att arbeta självständigt och leda flera projekt parallellt - Kunskaper i engelska i tal och skrift Meriterande för tjänsten: - Erfarenhet av analys av encellsdata, såsom scRNA-seq, scATAC-seq och Cut&Tag - Erfarenhet av dataintegration - Erfarenhet av forskning inom bioinformatik och immunologi med dokumenterade publikationer - Postdoktoral forskningserfarenhet - Erfarenhet av att designa experiment med hög genomströmning, nukleinsyraextraktion och beredning av transkriptombibliotek för sekvensering - Erfarenhet av att handleda studenter och förklara bioinformatiska verktyg och analyser för andra gruppmedlemmar - Kännedom om verktyg för arbetsflöden och mjukvaruutveckling såsom GitHub Vad erbjuder vi? En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats. Placering: Solna https://ki.se/om-ki/tio-skal-att-valja-karolinska-institutet Ansökan Varmt välkommen med din ansökan senast den 16 september. Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning. Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss

Göteborgs universitet möter samhällets utmaningar med mångsidig kunskap. 56 000 studenter och 6 600 medarbetare gör universitetet till en stor och inspirerande arbetsplats. Stark forskning och attraktiva utbildningar lockar forskare och studenter från hela världen. Med ny kunskap och nya perspektiv bidrar Göteborgs universitet till en bättre framtid.Vid Institutionen för neurovetenskap och fysiologi vid Sahlgrenska akademin bedrivs omfattande forskning och undervisning över stora kunskapsområden - från molekyl till människa. Verksamheten utgörs av fem sektioner; farmakologi, fysiologi, hälsa och rehabilitering, klinisk neurovetenskap samt psykiatri och neurokemi. Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, söker nu en bioinformatiker, med placering vid Sektionen för klinisk neurovetenskap. Sektionen för klinisk neurovetenskap bedriver pediatrisk ögonforskning med inriktning på biomarkörer i relation till förtidig födelse, nutrition, kön och sjuklighet. Arbetsuppgifter Sökande ska integrera och analysera molekylärgenetiska och biomedicinska data genererade från prover tagna från extremt för tidigt födda barn som inkluderar bland annat proteom, transkriptom, metabolom och mikrobiom. Arbetsuppgifter inkluderar kvalitetskontroller av data, explorativa och statistiska analyser och presentation av genererade resultat i text och grafik. Kvalifikationer Krav för tjänsten är: • kandidatexamen i bioinformatik eller motsvarande relevant utbildning • dokumenterad erfarenhet av arbete med omics-data från kliniska prover • programmeringskunskap i R och/eller andra dataanalys och visualiseringsverktyg • god muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska Meriterande för tjänsten är: • erfarenhet av analys och statistisk behandling av data från riktad proteomik och NGS • tidigare arbete med data från pediatriska prover • viss kännedom om extremt för tidigt födda barn och den sjuklighet som kan drabba dessa, i synnerhet prematuritetsretinopati (ROP) kopplat till neuro-angiogen utveckling • förmåga att hantera data från longitudinella provserier Sökanden bör vara självständig i sitt arbetssätt, ha god samarbetsförmåga och uppskatta att arbeta i en forskningsorganisation. Vi värdesätter att du är lösningsorienterad och noggrann och vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet. Vi ser också gärna att du har ett kontaktnät och pågående samarbete med andra statistiker inom det aktuella forskningsfältet. Vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet.  Anställning Anställningen är en tidsbegränsad anställning i 11 månader, 50% av heltid, med placering tills vidare vid Institutionen för neurovetenskap och fysiologi. Tillträde: snarast eller enligt överenskommelse.  Kontaktuppgifter för anställningen Har du frågor om anställningen är du välkommen att kontakta professor Ann Hellström, tfn: 0768 97 91 96, e-post: [email protected] Ansvarig chef är professor/biträdande sektionschef Asgeir Jakola, tfn: 031 342 97 41, e-post: [email protected] Ansökningshandlingar skickas inte till kontaktpersonerna. Fackliga organisationer Fackliga företrädare vid Göteborgs universitet hittar du här: https://www.gu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss/hjalp-for-sokande Ansökan Du söker anställningen via Göteborgs universitets rekryteringsportal genom att registrera din ansökan elektroniskt via hemsidan: https://www.gu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss/lediga-anstallningar  Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag. Ansökan ska vara inkommen senast: 2024-09-23 Universitetet arbetar aktivt för en arbetsmiljö med jämställda förhållanden och sätter värde på de kvalitéer mångfald tillför verksamheten. Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Enligt Riksarkivets föreskrifter är universitetet skyldigt att förvara ansökningshandlingar i två år efter tillsättningsbeslutet. Om du som sökande till en anställning särskilt begär tillbaka dina handlingar återsänds de när de två åren har förflutit, i annat fall kommer de att gallras ut. Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Göteborgs universitet anlitar upphandlad annonsbyrå i samband med rekrytering av personal. Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av jobbannonser.

Are you a passionate and talented individual with strong analytical skills and a keen interest in unraveling the mysteries of biological data using cutting-edge technology? We have the perfect opportunity for you! Join our team and work towards a meaningful cause in a dynamic startup environment with smart and friendly individuals in a very innovative team. Moleculent is on a mission to build products that yield new insights into the molecular foundation of human biology. This is a chance for you to join a focused and dedicated team with extensive experience building successful life-science companies and products. This is a permanent position based in Solna, Stockholm. For the right person, remote or hybrid work could be a possibility. We welcome your application today, but please note that the recruitment process will be paused in July and resumed at the beginning of August.