Bioinformatiker

Institutionen för informationsteknologi har en ledande ställning inom både forskning och utbildning på alla nivåer. Vi är i dagsläget Uppsala universitets tredje största institution, har cirka 350 anställda, varav 120 lärare och 120 doktorander. Omkring 5 000 studenter läser en eller flera kurser vid institutionen varje år. Du hittar mer information om oss på Institutionen för informationsteknologis webbplats. Den utlysta tjänsten är placerad vid avdelningen Vi3 vid Institutionen för informationsteknologi, och är en del av BioImage Informatics Unit (BIIF) inom SciLifeLabs bioinformatikplattform (National Bioinformatics Infrastructure Sweden, NBIS). Inom BIIF erbjuder vi forskarstöd och kurser inom digital bildbehandling och bildanalys för tillämpningar inom life science. BIIF är en del av NBIS – 120 experter som erbjuder avancerat bioinformatikstöd, infrastruktur och utbildning till den svenska life science-forskningen – samt en del av Science for Life Laboratory (SciLifeLab) – ett nationellt centrum för molekylär biovetenskaplig forskning med fokus på hälso- och miljöforskning. Vår arbetsmiljö är avdelningen Vi3 vid Institutionen för informationsteknologi, som samlar en unik kombination av kompetens inom datoriserad bildbehandling, människa-datorinteraktion och datavetenskaplig utbildning. Vi har en stark koppling till NMI, National Microscopy Infrastructure, och är en del av Euro-BioImaging. BIIF har därmed god anknytning till infrastruktur för både bildtagning och dataanalys. Arbetsuppgifter Vi söker en bioinformatiker med ett starkt intresse för att utveckla, implementera och anpassa bildanalysverktyg för kvantitativ analys av mikroskopidata. Stort fokus ligger på storskalig analys baserad på maskininlärning, djupinlärning/AI, samt hantering och analys av stora 3D-mikroskopidata. Du kommer att arbeta med kortare och längre projekt samt erbjuda forskarstöd till forskare i Sverige. Anställningen innefattar även arbetsuppgifter i form av att anordna användarmöten samt kurser/workshops inom digital bildbehandling och bildanalys med tillämpningar inom life science. Kvalifikationskrav Du ska ha doktorsexamen inom digital bildanalys/bildbehandling eller motsvarande, alternativt inom bioinformatik/biomedicin/biologi eller motsvarande. Dokumenterad erfarenhet av programmering och utveckling av digitala bildanalysmetoder inom området bioimage analysis är ett krav. Detta innefattar hantering och analys av stora 3D-mikroskopidata, erfarenhet av att tillämpa, förbättra och träna om djupinlärningsmetoder (DL) samt användning av GPU-HPC-kluster. Erfarenhet av att bygga verktyg och leverera dem till forskare är ett krav. Mycket god kommunikationsförmåga i engelska, både i tal och skrift, är ett krav. Önskvärt/meriterande Erfarenhet av att erbjuda stöd inom bildanalys till andra forskare är meriterande. Erfarenhet av att hålla workshops samt handledning av masterstudenter är också meriterande. Ansökan Skicka in din ansökan via länken nedan. Ansökan ska innehålla ett personligt brev där den sökande beskriver sin motivation för att söka tjänsten, relevanta kvalifikationer och forskningsintressen. Ansökan ska också innehålla ett CV, länkar till relevanta publikationer samt kontaktinformation till minst två referenspersoner. Vi vill också veta tidigast möjliga startdatum. Om anställningen Anställningen är en tillsvidareanställning med sex månaders provanställning. Omfattning 100 %. Tillträde 1 januari 2027 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala. För ytterligare information om anställningen, vänligen kontakta: Anna Klemm, [email protected] eller Carolina Wählby, [email protected]. Välkommen med din ansökan senast den 1 oktober 2026, UFV-PA 2026/2617. Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 500 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/ Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd. Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem. Fackliga företrädare: Saco-S - [email protected], Seko - [email protected], ST (OFR/S) - [email protected]

About the job Microdentify Sweden AB (https://microdentify.com/) is seeking a motivated Bioinformatician or Computational Biologist to conduct computational analyses of environmental DNA (eDNA), metagenomic sequencing data, and machine-learning approaches for biological and forensic applications. The position involves analyzing sequencing datasets to identify biological patterns, develop computational methods for classification and prediction, build pipelines, and develop software to deliver results. The role focuses on analyzing biological and environmental DNA profiles and applying them to geographic inference and forensic intelligence. Main responsibilities The successful candidate will: · Process and analyze environmental DNA (eDNA) and metagenomic sequencing datasets. · Analyze biological community profiles generated from environmental samples. · Perform quality control, filtering, normalization, and feature selection of high-dimensional biological datasets. · Apply statistical and machine-learning approaches to classification and prediction problems. · Develop and evaluate computational models for geographic prediction from biological data. · Analyze spatial patterns in biological communities and assess relationships between biological similarity and geographic distance. · Evaluate model performance using appropriate validation and testing procedures. · Work with large reference datasets containing biological and geographic information. · Produce figures, tables, and statistical summaries of analytical results. · Document computational workflows and contributions to scientific reports, presentations, and manuscripts. · Work collaboratively with researchers in bioinformatics, molecular biology, environmental genomics, and forensic science. Qualifications Applicants should have: · An MSc or PhD degree in Bioinformatics, Computational Biology, Molecular Biology, Biotechnology, or a closely related discipline. · Experience analyzing DNA sequencing or other high-dimensional biological data. · Experience with Python and/or R for data analysis. · Experience with machine learning and statistical modeling. · Experience working with biological community, microbiome, metagenomic, or environmental DNA data. · Ability to work with large datasets and develop reproducible computational analyses. · Good written and spoken English. · Ability to work independently while collaborating effectively within a multidisciplinary research team. Meritorious qualifications Experience in one or more of the following is considered an advantage: · Environmental DNA (eDNA) or metagenomics. · Microbiome or microbial community analysis. · Machine-learning methods for classification, prediction, or geolocation. · Spatial analysis or geographic modeling. · Feature selection and dimensionality reduction for high-dimensional sequencing data. · Analysis of environmental or forensic biological samples. · Linux and command-line bioinformatics. · Development or evaluation of computational bioinformatics pipelines. · Experience with workflow management systems such as Nextflow or Snakemake. · Experience with Git/GitHub and reproducible software development. About the position This position offers the opportunity to work at the intersection of bioinformatics, environmental genomics, machine learning, and forensic science, with an emphasis on developing computational approaches to analyze biological sequencing data and build practical predictive tools. We are looking for someone who combines strong analytical skills with curiosity, independence, and an interest in developing computational approaches to challenging biological problems. About Microdentify Microdentify Sweden AB is a startup that develops computational and biological approaches for applications involving microbial and environmental data. The company combines bioinformatics, computational methods, data analysis, and biological research to develop practical solutions for complex biological problems. Applicants should submit. Cover letter CV Transcripts Diploma Proof of work with microbiome, metagenomic, or environmental DNA data

Subject area  Bioinformatics and Cancer Genetics   Subject area description  Somatic mutation accumulation and clonal evolution are central processes in cancer development. Through large-scale whole-genome sequencing and other high-throughput approaches, these processes can be mapped in detail, providing insights into tumor initiation, progression, and treatment response. This position focuses on the application and development of bioinformatics methods for the analysis of genomic cancer data, including large public international datasets and locally generated patient-derived sequencing data. The project may involve, for example, studies of somatic mutational processes, clonal dynamics, tumor evolutionary history, or integrative analyses of genomic and clinical data. Analyses of non-cancer-related sequencing data may also be considered. The work will be carried out in a research environment with strong expertise in cancer genomics, computational biology, and translational research. Work published by the group in recent time includes: Ögren et al., Light-based footprinting of a eukaryotic genome. Science Advances 2026; Elliott et al., Mechanistic basis of atypical TERT promoter mutations. Nature Communications. 2024; Elliott et al. Base-resolution UV footprinting by sequencing reveals distinctive damage signatures for DNA-binding proteins. Nature Communications. 2023; Boström et al. Somatic mutation distribution across tumour cohorts provides a signal for positive selection in cancer. Nature Communications. 2022; Elias et al. Independent somatic evolution underlies clustered neuroendocrine tumors in the human small intestine. Nature Communications. 2021; Van den Eynden et al. Lack of detectable neoantigen depletion signals in the untreated cancer genome. Nature Genetics. 2019.   Duties  The postdoctoral researcher will apply and develop computational methods for the analysis of whole-genome sequencing and other NGS-based data from patients, including mutation calling and detection of mosaic mutations. The work may also include statistical analyses and data visualization to identify and interpret somatic mutational patterns and other genomic alterations, as well as integration of genomic data with clinical and phenotypic variables when relevant. The researcher is expected to contribute to manuscript writing and publication in international scientific journals and may present research findings at national and international conferences.   Eligibility  The eligibility criteria for employing teaching staff are set out in Chapter 4 of the Higher Education Ordinance and in the Appointment Procedure for Teaching Posts at the University of Gothenburg.  To be eligible for appointment as a postdoc, the applicant is required to have a doctoral degree, a doctoral degree in art or a foreign degree that is deemed to be equivalent to a doctoral degree. This eligibility requirement must be met before the employment decision is made.  In the first instance, those who have completed their degree no more than three years prior to the end of the application period shall be considered. Those who have completed their degree more than three years prior to the end of the application period may also be considered in the first instance if special grounds exist. Special grounds relate to leave of absence due to illness, parental leave, commissions of trust within union organisations, service within the defence services or other similar circumstances, as well as clinical service or service/assignment relevant to the subject area.     Assessment criteria  Good programming skills and linux/unix experience is a requirement. Knowledge of Matlab or R is also highly desired. Previous experience with analysis of next-generation sequencing data is recommended, particularly calling of somatic mutations. Experience from relevant biological fields is recommended, and the applicant is expected to have published several articles in peer-reviewed journals. Excellent communicative skills are required, including fluency in oral and written English. Regulations for the evaluation of qualifications for academic positions are given in Chapter 4, Section 3 - 4 of the Higher Education Ordinance.   Employment  The employment is full time and temporary, two years with the possibility of one year's extension, with placement at the Institute of Biomedicine. First day of employment as agreed.     Contact information  If you have any questions about the position, please contact Erik Larsson Lekholm, Professor, phone: +46 31 786 6942, e-mail: [email protected]     Application  Submit your application via the University of Gothenburg’s recruitment portal by clicking the “Apply” button. It is your responsibility to ensure that the application is complete as per the vacancy notice, and that the University receives it by the final application deadline.   The application should contain: - A cover letter giving a brief description of previous research experience, and a motivation to why you are applying - A CV including a list of publications - Contact details of two references - Proof of completed PhD   Applications must be received by: 2026-10-10    Information for International Applicants  Choosing a career in a foreign country is a big step. Thus, to give you a general idea of what we and Gothenburg have to offer in terms of benefits and life in general for you and your family/spouse/partner please visit:  https://www.gu.se/en/about-the-university/welcome-services   https://www.movetogothenburg.com/      The University works actively to achieve a working environment with equal conditions, and values the qualities that diversity brings to its operations. Salaries are set individually at the University. In accordance with the National Archives of Sweden’s regulations, the University must archive application documents for two years after the appointment is filled. If you request that your documents are returned, they will be returned to you once the two years have passed. Otherwise, they will be destroyed. In connection to this recruitment, we have already decided which recruitment channels we should use. We therefore decline further contact with vendors, recruitment and staffing companies.

Vill du kombinera data, programmering och Life Science, och samtidigt få chansen att utvecklas inom ett område som kan bidra till framtidens medicinska forskning? I den här rollen får du arbeta med data från proteomikanalyser och lära dig hur data går från laboratoriet till färdig leverans hos kund. Du behöver inte vara expert från start, det viktigaste är att du har en relevant akademisk bakgrund, ett intresse för data och analys samt grundläggande erfarenhet av R. Du kommer att ha erfarna kollegor omkring dig och få möjlighet att bygga vidare på dina kunskaper i en internationell Life Science-miljö. Vi ser fram emot din ansökan! Om tjänsten Olink - En del av Thermo Fisher Scientific har vuxit explosionsartat de senaste åren och har på kort tid gjort avtryck världen över. Deras banbrytande produkter används idag av ledande forskningsinstitut och läkemedelsbolag för att driva fram nästa stora genombrott inom medicin. Med huvudkontor och service-lab i både Uppsala och Boston är Olink en verkligt global aktör inom Life Science. Här utvecklas och används tekniken för att ge ny förståelse för komplexa sjukdomar som cancer, hjärt- och kärlsjukdomar och neurologiska sjukdomar, forskning som på riktigt kan förändra människors liv. Som Junior Data Manager blir du en viktig del av processen som säkerställer att den data som Olink genererar håller hög kvalitet innan den levereras till kunder runt om i världen. I praktiken innebär det att du arbetar med att kontrollera, analysera och kvalitetssäkra data från Olinks proteomikanalyser. Du kommer bland annat att använda R och andra dataanalysverktyg för att identifiera avvikelser, förstå vad som påverkar datan och säkerställa att resultatet är korrekt. Du kommer också att få en inblick i hela dataflödet, från laboratoriet där analyserna genomförs, via datahantering och kvalitetskontroll, till den färdiga leveransen till kund. Rollen passar därför dig som tycker att det är spännande att jobba med data, lösa problem och förstå vad som faktiskt ligger bakom siffrorna. Du arbetar nära både seniora Data Managers/Data Analysts, laboratorieteam och andra interna funktioner. Det innebär att du får mycket möjlighet att ställa frågor, lära dig av andra och successivt ta mer ansvar. Du blir en del av ett team med kollegor med olika bakgrunder och erfarenhetsnivåer. Här finns en kultur där man hjälper varandra och delar med sig av sin kunskap, vilket gör det till en bra miljö för dig som är i början av din karriär. Det här är ett konsultuppdrag vilket innebär att du kommer vara anställd av Academic Work och arbeta som konsult hos Olink. Uppdraget kommer att vara på heltid och förväntas pågå minst fram till årsskiftet. Det finns goda chanser till förlängning, förutsatt att utrymme för det finns och att alla parter är nöjda med samarbetet. Du erbjuds En junior roll där du får utvecklas tillsammans med erfarna kollegor Praktisk erfarenhet av dataanalys, kvalitetssäkring och R Möjlighet att arbeta med data som används inom medicinsk forskning Möjligheten att arbeta i en nytänkande, internationell miljö hos ett bolag som värdesätter mångfald och inkludering Arbete hos en organisation som våra nuvarande konsulter beskriver som en fantastisk arbetsplats Arbetsuppgifter Som Junior Data Manager kommer du bland annat att: Kontrollera och kvalitetssäkra data från Olinks proteomikanalyser Analysera data i R och andra verktyg för att hitta avvikelser och mönster Säkerställa att data är korrekt innan den levereras till kund Utreda och felsöka problem i data tillsammans med mer seniora kollegor Samarbeta med laboratorie- och dataanalysteam för att förstå och lösa eventuella problem Arbeta strukturerat med flera dataflöden och leveranser parallellt Successivt ta mer ansvar för kvalitetskontroll och datahantering Vi söker dig som Har en akademisk utbildning med inriktning mot molekylärbiologi, bioinformatik eller liknande Har ett genuint intresse för dataanalys och problemlösning Har grundläggande erfarenhet av programmering**** i R Har någon erfarenhet av bioinformatik eller dataanalys, exempelvis genom studier, examensarbete eller tidigare arbete Är mycket bekväm med svenska och engelska i både tal och skrift Det är meriterande, men inget krav, om du har Erfarenhet av bioinformatik utöver dina studier Arbetat med datahantering eller dataanalys Laborativ erfarenhet Erfarenhet av SQL Viktigast av allt, din personlighet För den här rollen tror vi att du är nyfiken, analytisk och gillar att förstå hur saker hänger ihop. Du behöver inte kunna allt från början, däremot tror vi att du gillar att lösa problem, vågar ställa frågor och är motiverad att lära dig nya saker. Eftersom du kommer att samarbeta med flera olika team är det också viktigt att du är prestigelös och tycker om att arbeta tillsammans med andra. Kort sagt: vi söker dig som är i början av din karriär och vill bygga erfarenhet inom data, programmering och Life Science. Övrig information Start: Omgående (Max 1 månads uppsägningstid) Omfattning: Heltid, kontorstider Placering: Uppsala Vår rekryteringsprocess Denna rekryteringsprocess hanteras av Academic Work och vår kunds önskemål är att alla frågor rörande tjänsten skickas till Academic Work. Vi tillämpar löpande urval och kommer plocka ner annonsen när tillräckligt många kandidater har nått slutskedet i rekryteringsprocessen. Vid ansökan efterfrågas ett CV. Personligt brev använder vi inte som urvalsmetod och behöver därför inte bifogas. Rekryteringsprocessen innehåller två urvalstest: ett personlighetstest och ett test i kognitiv förmåga. Testerna är ett verktyg för att kunna hitta den kandidat med högst potential för tjänsten samt främja jämlikhet, mångfald och en rättvis rekryteringsprocess.

Are you passionate about transforming complex spatial biology data into actionable insights? Do you thrive in a cross-functional environment bridging experimental and computational teams? Moleculent is looking for an experienced Computational Biology Scientist with Immunology knowledge to drive and evolve our Applications and Fee-for-Service (FFS) initiatives. Join us to contribute to cutting-edge technology that unveils new perspectives on human biology! Moleculent is on an exciting mission to map cell communication at the molecular level in tissue, aiming to unlock radical new insights into human biology. This is a chance to join a focused and dedicated team with extensive experience in building successful life science companies and products. This is a permanent position based in Solna, Stockholm, with the possibility to work remotely. We welcome your application, but please note that interviews will be conducted in August! JOB DESCRIPTION As a Computational Biology Scientist, you will play a key role in driving data analysis workflows for customer and internal validation projects. You will take ownership of project design, biological interpretation, and stakeholder communication, working closely with wet-lab scientists, the Applications Team Lead, and R&D to ensure high-quality, reliable data insights. Key responsibilities: Design and interpret analysis strategies to support application development and pilot studies. Execute image preprocessing, cell segmentation, and spatial metrics extraction using established pipelines. Compile and visualize results into standardized reports for internal use and customer delivery. Collaborate on refining methods, troubleshooting, and prototyping new analysis metrics. Ensure data traceability and compliance with Moleculent's data packaging standards.  QUALIFICATIONS To fit this role well, you should hold an MSc or PhD in computational biology, bioinformatics, image analysis, spatial omics, or a related field. It’s a strong advantage if you have done a postdoc in a relevant field. Fluency in both written and spoken English, along with strong computer skills, is essential. Experience in clearly and effectively presenting data—both in writing and in oral presentations—is a key requirement. Proficiency in Python and spatial single-cell analysis, with the ability to design, execute, and interpret analysis workflows for complex datasets. A solid understanding of immunology is important, as our data closely relates to immune cell populations, marker panels, and tissue-based immune profiling. Experience working directly with customers—whether through pilot studies, fee-for-service delivery, or technical support—is highly valued in this role. Experience working across R&D, product, and commercial functions is a plus. Skilled in summarizing insights for cross-functional teams.  MOLECULENT We believe that our understanding of the molecular basis of human biology, in health and disease will increase radically in the coming ten years. This will lead to a vast improvement in therapies, and diagnostics, and a new, fundamental understanding of our own biology. Moleculent is on a mission to develop technology-enabled products that leverage new insights into the molecular foundation of human biology. https://www.moleculent.com/