Bioinformatiker

Are you passionate about transforming complex spatial biology data into actionable insights? Do you thrive in a cross-functional environment bridging experimental and computational teams? Moleculent is looking for a Computational Biology Scientist to support and evolve our Applications and Fee-for-Service (FFS) initiatives. Join us to contribute to cutting-edge technology that unveils new perspectives on human biology! Moleculent is on an exciting mission to map cell communication at the molecular level in tissue, aiming to unlock radical new insights into human biology. This is a chance to join a focused and dedicated team with extensive experience in building successful life science companies and products. This is a permanent position based in Solna, Stockholm. We welcome your application, but please note that interviews will be conducted in August!   JOB DESCRIPTION As a Computational Biology Scientist, you will be key in executing data analysis workflows for customer and internal validation projects. We’re open to hiring at either a junior or a more senior level for this position. Depending on experience, the role may focus on processing and delivering standardized reports (Scientist level) or take on broader responsibilities, including project design and biological interpretation (Senior level). You will work closely with wet lab scientists, the Applications Team Lead, and R&D to ensure high-quality and reliable data insights. Key responsibilities: Execute image preprocessing, cell segmentation, and spatial metrics extraction using established pipelines. Compile and visualize results into standardized reports for internal use and customer delivery. Ensure data traceability and compliance with Moleculent's data packaging standards. Support customer pilots and internal applications projects with robust, reproducible data analyses. For a senior profile, the role also includes: Design and interpret analysis strategies to support applications development and pilot studies. Collaborate on refining methods, troubleshooting, and prototyping new analysis metrics. Present complex insights to internal and external stakeholders across technical domains.  QUALIFICATIONS To fit this role well, you should hold an MSc or equivalent degree in computational biology, bioinformatics, or a related field. Fluency in both written and spoken English, along with strong computer skills, is essential. Experience in clearly and effectively presenting data—both in writing and in oral presentations—is a key requirement. Additional qualifications include: Scientist level: Hands-on experience with image-based data analysis, preferably microscopy. Familiarity with Python-based workflows and data visualization. Strong attention to structure, version control, and consistency across datasets. Comfortable delivering standardized outputs on schedule and supporting technical queries. Senior level: PhD or equivalent experience in computational biology, image analysis, or spatial omics. Proficiency in Python and spatial single-cell analysis. Able to design, execute, and interpret analysis workflows for complex datasets. Skilled in summarizing insights for cross-functional teams. Experience working across R&D, product, and commercial functions is a plus. We are looking for candidates with a strong sense of team collaboration. You should be comfortable working cross-functionally and actively contributing to both fee-for-service (FFS) operations and internal exploratory projects. A strong willingness to continuously learn and grow scientifically is essential, as is the ability to thrive in diverse project environments and a collaborative team setting. An operational mindset is equally critical, and you truly enjoy hands-on lab work. This includes confidence in executing well-defined workflows and consistently delivering standardized outputs on time. Given our fast-paced environment, startup adaptability is highly valued. This means being open to evolving workflows, contributing to process development, maintaining clear documentation, and ensuring smooth handoffs between lab and data teams. Flexibility, initiative, and a proactive approach to ambiguity are key traits that support success in our dynamic setting.   MOLECULENT We believe that our understanding of the molecular basis of human biology, in health and disease will increase radically in the coming ten years. This will lead to a vast improvement in therapies, and diagnostics, and a new, fundamental understanding of our own biology. Moleculent is on a mission to develop technology-enabled products that leverage new insights into the molecular foundation of human biology. https://www.moleculent.com/

Staff Scientist inom bioinformatik och datavetenskap för infektionsbiologiforskning Institutionen för fysiologisk botanik Sista ansökningsdag: 2025-08-31 SciLifeLab, Science for Life Laboratory, är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper i Sverige, som utvecklar och underhåller unik forskningsinfrastruktur, tjänster och dataresurser för livsvetenskaplig forskning. SciLifeLabs främsta mål är att möjliggöra banbrytande, mångvetenskaplig forskning och främja att forskningen tillämpas till nytta för samhället. Cirka 200 forskargrupper, 1 500 forskare och 40 nationella infrastrukturenheter är kopplade till SciLifeLab med noder över hela Sverige. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning för att utbilda och rekrytera nästa generations livsforskare och skapa starka och globalt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskare inom svensk livsvetenskap. Programmet syftar till att stärka  nationella samarbeten mellan universitet, forskningsmiljöer inom livsvetenskap och datavetenskap, samt mellan industri, hälso- och sjukvård och andra nationella och internationella intressenter. Vi söker nu en kandidat med expertis inom maskininlärning, bioinformatik eller avancerade statistiska metoder, för att hjälpa till att utforska molekylära, bildanalys-, kliniska och/eller epidemiologiska data. Du kommer att tillämpa, anpassa och utveckla metoder för maskininlärning för att ge dataanalysstöd till datadrivna svenska forskningsprojekt av vetenskaplig excellens, samt stödja avancerad forskarutbildning i dataanalys på nationell nivå. Som en del av vårt team kommer du att vara väl integrerad med bioinformatikplattformen vid SciLifeLab (National Bioinformatics Infrastructure Sweden, www.nbis.se), en unik nationell infrastruktur med över 120 experter som tillhandahåller avancerat bioinformatikstöd, infrastruktur och utbildning till svenska livsvetenskapsforskare, och deltar i internationella samarbeten. Din framtida arbetsplats Du kommer att arbeta vid en av de viktigaste bioinformatiska forskningsmiljöerna vid Umeå Universitet, med över 20 bioinformatiker som stödjer flera forskningsområden och är placerad vid institutionen för fysiologisk botanik. Arbetsplatsen är belägen mitt i Kemiskt Biologiskt Centrum (KBC), som är ett life science-nav med flera instrument och teknikplattformar, och även i närheten av flera nationella dataproducerande SciLifeLab-anläggningar. Umeå universitet har ett starkt nätverk inom infektionsbiologisk forskning med bland annat den nordiska EMBL-noden Laboratory for Molecular Infection Medicine Sweden (MIMS, www.umu.se/mims/).  För mer information om att arbeta vid Umeå universitet: https://www.umu.se/jobba-hos-oss/. Bioinformatikgruppen är verksam vid institutionen för fysiologisk botanik vid Umeå Plant Science Centre med totalt över 200 forskare i mer än 35 forskargrupper, (www.upsc.se). Du kommer att arbeta i en supportgrupp av bioinformatiker som både levererar expertanalyser till andra forskare och själva driver forskningsfältet framåt.  Arbetsuppgifter De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att: - Genomföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade datadrivna forskningsprojekt inom livsvetenskap, med hjälp av toppmoderna beräkningsmetoder - Utveckla och implementera nödvändiga verktyg och arbetsflöden för sådana analyser. - Utbilda andra forskare i Sverige i avancerad dataanalys genom samarbete inom stödda projekt, avancerade nationella kurser och konsultationer. - Delta i den kontinuerliga utvecklingen och förbättringen av bioinformatikplattformen, DDLS-programmet och SciLifeLab. Kvalifikationskrav Vi söker en mycket motiverad kandidat med gedigna färdigheter inom tillämpad bioinformatik, datavetenskap och/eller maskininlärning, för att tillhandahålla avancerat dataanalysstöd till svenska livsvetenskapsforskningsprojekt av vetenskaplig excellens. För anställning krävs följande kvalifikationer: (i) Doktorsexamen i bioinformatik, datavetenskap, bioteknik, teknik, fysik, eller motsvarande. (ii) Omfattande (3+ år) erfarenhet av att tillämpa och/eller utveckla avancerade metoder inom bioinformatik, datavetenskap eller maskininlärningsmetoder. (iii) Programmeringskunskaper i Python. (v) Mycket goda muntliga och skriftliga kommunikationsfärdigheter på engelska (vi) Starka färdigheter inom samarbete och kommunikation Ytterligare kvalifikationer Relevanta postdoktorala studier eller likvärdig industriell erfarenhet är en stark merit men inte ett krav. Övriga starka meriter är erfarenhet inom en eller flera av följande: - Forskning eller utveckling kopplad till infektionsbiologi, immunologi eller epidemiologi. - Avancerad integrering av flera lager av molekylära dataset. - Programmeringskunskaper i R och/eller andra programmeringsspråk för statistiska beräkningar och datavisualisering. - Moderna ramverk för djupinlärning, såsom PyTorch eller Tensorflow och datavetenskapliga verktyg såsom Numpy, Pandas and Matplotlib Erfarenhet av maskininlärningshanteringssystem, såväl som databaser och datatrukturer för stora datamängder är också meriterande. Centrala begrepp för oss är "Reproducerbar forskning" och "FAIR data", och expertis inom utveckling av reproducerbar kod genom att använda koddelningsplattformar, versionshantering, arbetsflödesspråk och containerlösningar är även det meriterande. Anställningsvillkor Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning upp till 6 månader kan komma att tillämpas. Startdatum enligt överenskommelse. Ansökan Din ansökan ska innehålla - Ett personligt brev, max 2 sidor, inklusive en motivering till varför du vill ansluta dig till detta arbete - CV med publikationslista - Doktorsexamensbevis Du ansöker via vårt rekryteringssystem Varbi. Sista ansökningsdag är 2025-08-31 Kontakt Björn Nystedt, NBIS Support Manager, tel +46 18 471 44 13, [email protected] Johan Trygg, UmU DDLS Data Science Node, tel +46 730 647 137, [email protected] Johannes Hanson, prefekt vid institutionen för fysiologisk botanik, tel +46 722 243 283, [email protected]

1–2 Bioinformatiker Vill du arbeta med bioinformatikanalys, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som bioinformatiker på Uppsala universitet. National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS; https://nbis.se) är en stor och snabbt växande nationell infrastruktur som främjar forskning inom livsvetenskaperna i Sverige genom att tillhandahålla support, infrastruktur och avancerad utbildning inom bioinformatikområdet. NBIS utgör bioinformatikplattformen på SciLifeLab (https://www.scilifelab.se), en nationell resurs som tillhandahåller avancerade storskaliga tekniker och kunnande inom biovetenskaperna, och är också den svenska noden i den europeiska infrastrukturen ELIXIR för biologisk information. Vi behöver nu förstärka vår kapacitet inom vår supportenhet med 1-2 bioinformatiker vid Institutionen för cell-och molekylärbiologi vid Uppsala universitet. De personer som anställs kommer att integreras i ett bioinformatikteam i en spännande forskningsmiljö med många möjligheter till utveckling av nya och existerande färdigheter för att hålla sig à jour med nya sekvenseringsteknologier och andra bioinformatiska utmaningar när de uppstår. Arbetsuppgifter  Vi letar efter 1-2 bioinformatikexperter som primärt kommer att arbeta med analys av spatiell omikdata eller avancerade biostatistiska och maskininlärningsanalyser, men också med andra typer av analyser. Arbetet innefattar att stödja svenska forskare inom detta område, och finansieras delvis med användaravgifter från forskargrupper. Projekten man deltar i kommer att skifta i komplexitet och längd och kommer med varierande biologiska eller medicinska frågeställningar. Ansvarsområden inkluderar att planera, initiera, utföra och rapportera analyser, kommunicera med forskargrupper samt hålla sig uppdaterad inom fältet och bidra till NBIS avancerad utbildning av svenska forskare inom bioinformatik. Regelbundna interna möten, internutbildning och avsatt tid för utveckling av egna färdigheter är en del av arbetet. Tjänsten kommer att innebära ett visst mått av resande, eftersom kunskapsutbyte både inom och utanför NBIS är en viktig del av vår verksamhet för att behålla spetskompetens för analys av befintliga och nya datatyper. Kvalifikationskrav De framgångsrika sökande behöver uppfylla följande krav: - Doktorsexamen inom något av följande områden: bioinformatik, molekylärbiologi, datavetenskap eller ett angränsande fält som arbetsgivaren bedömer relevant för anställningen. - Erfarenhet av arbete (minst 3 år) med avancerad bioinformatikanalys av omikdata - Erfarenhet, samt förmåga att genomföra och kritiskt evaluera sådana analyser till en internationellt sett hög standard antingen en eller båda av; - analyser av spatial omik data såsom uttrycksdata, proteomik data eller masspektrometri. Erfarenhet av omik data från enskilda celler är också önskvärt - avancerade biostatistik eller maskininlärningsanalyser som multivariat analys, regularisering, deep learning eller nätverksbaserad, Baysiansk eller matris faktoriseringar för multi-omik integrering. - Förmåga att, på internationellt konkurrenskraftig nivå, självständigt driva support-projekt och utföra dataanalys relaterade till omikdata. - God förmåga i ett skriptspråk såsom R eller Python, samt att arbeta effektivt i Linux kommandoradsmiljö och på storskaliga datorkluster - Mycket god förmåga att kommunicera på engelska, både i tal och skrift, samt förmåga att kommunicera med forskare med olika bakgrunder. - Stor vikt kommer att läggas på personliga egenskaper som är relevanta för tjänsten såsom förmåga att driva projekt självständigt, förmåga att samarbeta och arbeta i en serviceinriktad organisation och vilja att lära sig nya metoder och utveckla nya färdigheter. Önskvärt/meriterande i övrigt - Erfarenhet av support och undervisning inom bioinformatik. - Postdoktoral erfarenhet. - Starka färdigheter i experimentell design och mjukvaruutveckling är också meriterande. - ”Reproducerbar forskning” och ”FAIR data” är centrala koncept för oss, och expertis i utveckling av reproducerbar kod genom användande av koddelningsplattformar, arbetsflödesspråk, och container-lösningar är en stark merit.  Hänsyn kommer också ges till god samarbetsförmåga, driv och oberoende, samt hur bra sökandes erfarenhet och färdigheter kompletterar och stärker NBIS verksamhet. Ansökan Ansökan ska innehålla CV med referenser och ett personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter.   Om anställningen  Anställningen är tillsvidare, provanställning kan tillämpas. Omfattningen är heltid. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala  Upplysningar om anställningen lämnas av: Anna Johansson, [email protected]  Välkommen med din ansökan senast den 31 augusti 2025, UFV-PA 2025/2128. Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/ Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd. Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.

Bioinformatiker Vill du arbeta med bioinformatik, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som bioinformatiker på Uppsala universitet. National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS), https://nbis.se, främjar livsvetenskaplig forskning i Sverige genom att erbjuda expertstöd och utveckla avancerad bioinformatikinfrastruktur. Som en nationell satsning sysselsätter NBIS mer än 120 bioinformatiker, systemutvecklare och datahanteringsexperter på flera lärosäten i Sverige. NBIS utgör också bioinformatikplattformen på SciLifeLab, en nationell resurs som möjliggör forskning inom molekylära biosciences genom att tillhandahålla toppmoderna teknologier och teknisk expertis. Med starka band till datagenererande faciliteter och pågående samarbeten med ledande forskargrupper har NBIS enastående möjligheter att erbjuda bioinformatiska analyser av högsta klass. NBIS utgör också den svenska noden i ELIXIR, den europeiska infrastrukturen för biologisk information. NBIS söker nu en erfaren bioinformatiker för att stödja svenska forskningsprojekt. Som en del av vårt dynamiska team kommer du att arbeta nära forskare för att analysera storskaliga biologiska data och bidra till att utveckla vår infrastruktur för bioinformatik. God problemlösningsförmåga, noggrannhet och kommunikationsförmåga är viktiga egenskaper i denna roll. Flexibilitet och en vilja att lära sig är också viktigt, eftersom NBIS forskningsstöd kontinuerligt behöver anpassas till aktuella behov inom det svenska forskarsamhället. Tjänsten är placerad vid Uppsala universitet på ICM (Institutionen för Cell- och molekylärbiologi), inom den kreativa miljön vid SciLifeLab Uppsala-noden, "The Hub", där över 50 NBIS-bioinformatiker, utvecklare och datahanteringsexperter arbetar tillsammans med andra SciLifeLab-faciliteter och forskargrupper. Hos NBIS kommer du att vara en del av ett team, med goda möjligheter att bolla idéer, lära sig av kollegor och växa i din yrkesroll genom interna kurser och spännande projekt. Arbetsuppgifter  Dina arbetsuppgifter omfattar framförallt praktiskt arbete med bioinformatik och utveckling i olika typer av forskningsprojekt. Tjänsten är placerad i NBIS ”Evolution och Biodiversitet”-team och analyser typiska för det forskningsområdet kan ingå, men även andra typer av analyser.  Mycket god teknisk kompetens och förmåga att anpassa sig till nya områden är därför av vikt för den här tjänsten. Du kommer framförallt jobba i projekt vetenskapligt rankade i en ”peer-review”-process, men andra typer av projekt kan ingå. Arbetsuppgifter innefattar, men är inte begränsade till, utveckling av pipelines i Nextflow eller Snakemake, utveckling av skript i Python och/eller R, och körning av storskaliga analyser i HPC-miljöer. Arbetet kommer innebära höga krav på reproducerbarhet och erfarenhet av verktyg som möjliggör reproducerbarhet såsom Git och ”containers” är därför av vikt. NBIS har också en stor kurskatalog och du kommer ha möjlighet att undervisa på avancerad nivå (doktorandnivå och uppåt). Kvalifikationskrav - Doktorsexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi, datavetenskap eller ett relaterat område. - 5+ års dokumenterad erfarenhet av att jobba praktiskt med sekvensbaserad bioinformatik, inklusive mycket god kunskap om vanligt förekommande verktyg. - Erfarenhet av skriptning i Python (eller motsvarande), inklusive förmåga att planera, skriva och dokumentera skräddarsydda skript. Länk till ett kodarkiv (t.ex. GitHub eller GitLab) med exempel på egenutvecklade skript måste bifogas i CV. - Erfarenhet av att arbeta i Unix/Linux-miljöer och med högpresterande datorsystem (HPC) (t.ex. SLURM etc.). - Mycket god kommunikationsförmåga i både skrift och tal på engelska, samt förmåga att samarbeta med forskare från olika bakgrunder. - Betydelse kommer att läggas vid personlig lämplighet för tjänsten, som förmåga att driva projekt och arbeta i en samarbetsinriktad, men serviceinriktad miljö. - En vilja att lära sig nya metoder och förmåga att skaffa sig nya färdigheter är ett krav för denna tjänst. Önskvärt/meriterande i övrigt - Erfarenhet av verktyg och teknologier som främjar reproducerbarhet, såsom containrar (t.ex. Docker, Singularity). - God förståelse för vanliga bioinformatikdataformat och arbetsflöden. - Erfarenhet av arbete inom forskningsområdet Evolution och Biodiversitet är positivt. - Erfarenhet av utveckling av pipelines i Nextflow eller Snakemake. - Tidigare erfarenhet av att arbeta i en supportfunktion är också fördelaktigt. Om anställningen  Anställningen är tillsvidare, provanställning kan tillämpas. Omfattningen är heltid. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala. Uppsala universitet tillämpar inte distansavtal, vilket innebär att arbete på plats är ett krav.  Upplysningar om anställningen lämnas av: Chef Henrik Lantz, [email protected] Välkommen med din ansökan senast den 18 augusti 2025, UFV-PA 2025/2130. Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/ Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd. Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.

Verksamhetsområde akademiska laboratoriet Vi är Akademiska sjukhuset – ett av Sveriges ledande universitetssjukhus. Som länssjukhus och leverantör av högspecialiserad vård erbjuder vi vård till två miljoner människor i Mellansverige. Här händer det ständigt något – ett nytt liv föds, en mormor opereras, en kollega hyllas som hjälte. Hos oss får du uppleva både hårda prövningar och fantastiska händelser, i en stark gemenskap med kollegor. Se delar ur vår verklighet i vår fotoutställning; akademiskafotoutstallning.se. Välkommen med din ansökan! Vår verksamhet Klinisk molekylärdiagnostik och genetik drivs som ett projekt för att möta den växande efterfrågan på sekvensering inom laboratoriediagnostik. Ett första steg är en sammanslagning av klinisk genetik och molekylär patologi. Molekylärdiagnostik och klinisk genetik är idag en av Akademiska laboratoriets fem sektioner. Vårt upptagningsområde är Sjukvårdsregion Mellansverige (https://www.sjukvårdsregionmellan.se/) och sektionen kommer att ha drygt 100 medarbetare som arbetar med sjukvård, forskning och undervisning samt utveckling. Sektionen är i en expansiv fas med lokaler på Rudbecklaboratoriet (https://www.akademiska.se/for-vardgivare/sektioner/klinisk-genetik/). Vi är en ackrediterad högspecialiserad verksamhet som utför diagnostik av medfödda och förvärvade genetiska avvikelser och tillhandahåller genetisk vägledning i familjeutredningar. Verksamheten är ackrediterad enligt ISO15189 och omfattas av miljöcertifiering enligt ISO 14001. Ditt uppdrag Vill du jobba med att utveckla/implementera laboratorieinformationshanteringssystem (LIMS) och bygga upp Klinisk molekylärdiagnostik och genetik? Vi arbetar idag klinikövergripande med systemen Sympathy och iGene samt med Neon som är ett specialsystem för karyotypering och FISH-analys. Systemen är i ständig utveckling och förvaltning. Som en del av sammanslagningen av befintliga verksamheter ska en modul för den molekylära patologin utvecklas och implementeras i befintligt laboratorieinformations-hanteringssystem. Dessutom ingår uppdraget att integrera och implementera ett nytt system för provhantering vid storskalig sekvensering som kommer under hösten. Projektet inkluderar även att kartlägga och implementera kopplingar mellan de olika systemen. Jobbet innefattar moment som projektledning, regelbunden kontakt med leverantörer, hantering av supportärenden och att vara länken mellan verksamheten och IT-avdelningen. Du jobbar nära samtliga grupper inom kliniken, och samarbetar med övriga sektioner inom Akademiska Laboratoriet. Du kommer att arbeta nära objektspecialist för iGene och systemadministratörer på sektionen samt klinikens sjukhusgenetiker och bioinformatiker på Clinical Genomics Uppsala (CGU). CGU tillhandahåller idag service och bedriver utveckling för kliniknära forskning och utveckling för att ta fram och tillhandahålla kliniska analyser. Analyserna inkluderar helgenomsekvensering, helexomsekvensering, transkriptomsekvensering samt breda genpaneler för detektion av genetiska varianter som påverkar diagnos, prognos och behandling utifrån diagnosprov eller uppföljningsprov. Under året kommer även long-read sekvens teknologier (PacBio) implementeras på kliniken. Du kommer att medverka till att förbättra analyser, IT-infrastruktur och arbetssätt samt medverka till uppbyggnaden av informationshantering och bioinformatik för kliniska analyser inom Region Uppsala. Dina kvalifikationer Vi söker dig med akademisk examen på högskolenivå inom relevanta områden som t ex laboratorievetenskap, bioinformatik/bioteknik/datavetenskap, eller motsvarande. Vi ser att du brinner för projektledning och testledning och tidigare arbete i laboratorieverksamhet ses som meriterande. Det är även meriterande om du har erfarenhet av arbete med LIMS sedan tidigare, eller har arbetat med förvaltning av andra system i laboratoriemiljö. Även erfarenhet av att driva utveckling och underhåll av bioinformatiska analyser för klinisk avancerad genetisk diagnostik inom sjukvården är meriterande. Din kompetens Du har god kommunikativ förmåga, är en god pedagog samt administrativt skicklig. Som person ska du ha god samarbetsförmåga, vara positiv och flexibel, kunna agera under eget ansvar och vara drivande i de frågor du har ansvar för. Du måste vara strukturerad och serviceinriktad, stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Du kan kommunicera obehindrat på svenska och engelska i både tal och skrift. Vi erbjuder Tillsvidare tjänst där provtjänstgöring kan komma att tillämpas. Hos oss får du förmåner som gör skillnad, läs om förmånerna här (https://regionuppsala.se/jobba-hos-oss/bli-var-nya-kollega/formaner/). Vill du veta mer? Biträdande verksamhetschef Rita Borgmästars [email protected] Objektspecialist Justina Åkerström [email protected] Fackförbund nås via Region Uppsalas växel 018-611 00 00. Vill du jobba med oss? Välkommen med din ansökan via länken nedan. Region Uppsala värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten och ser gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet. Region Uppsala krigsplacerar all tillsvidareanställd personal utifrån totalförsvarets behov. Detta innebär för den enskilda medarbetaren inga förpliktelser i fredstid utan är enkom en planeringsåtgärd. Inför beslut om anställning, sker kontroll av misstanke- och belastningsregister avseende samtliga arbetssökanden som i den sökta anställningen kan komma att arbeta inom psykiatrisk sjukvård, habilitering, vård av barn och ungdom eller tvångsvård av missbrukare. Denna rekrytering sker helt genom Region Uppsalas försorg och vi undanber oss telefonsamtal från rekryteringsföretag och annonsförsäljare.

Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-Patologi, Lehtiös forskargrupp Vill du bidra till att förbättra människors hälsa? Tjänsten är placerad i forskargruppen för cancerproteomik och masspektrometri, ledd av https://ki. se/personer/janne-lehtio#about-mevidhttps://www.scilifelab.se/(SciLifeLab). Karolinska Institutet är ett av de fyra grundande universiteten för SciLifeLab, som idag är en nationell infrastruktur och ett forskningscentrum för teknik driven livsvetenskap. https://ki.se/forskning/forskningsomraden-centrum-och-natverk/forskargrupper/cancer-proteogenomik-fran-nya-metoder-till-implementeringsforskning-janne-lehtios-forskargrupp#tab-start är en translationell forskargrupp med målet att förbättra analysen av det mänskliga proteomet genom att utveckla nya metoder som kan tillämpas för att förbättra individanpassad cancerbehandling. För närvarande söker vi att förstärka vår forskargrupp med en enastående bioinformatiker med dokumenterad expertis inom tolkning och integrering av cancer-omikdata, samt att skapa värde både inom forskning och i translationella sammanhang. Anställningen är en tillsvidareanställning med sex månaders provanställning. Vi erbjuder ett mycket stimulerande och varierat arbete i ett team av mycket motiverade medarbetare med expertis inom banbrytande teknik. Din roll Vi söker en enastående bioinformatiker med expertis inom multi-omik och starka analytiska samt programmeringskunskaper för arbete med cancerrelaterade omikdata. Kandidaten förväntas utveckla, etablera, underhålla och uppdatera bioinformatiska pipelines för att integrera tumördata från olika teknologier (inklusive genomik, transkriptomik och proteomik). Särskild vikt läggs vid HPC-stödd beräkning av sekvenseringsdata till sammansatta transkript (de novo-assembly är ofta nödvändigt), samt vidare översättning av ORF:er (öppna läsramar) från dessa transkript till proteindatabaser (FASTA-format) som används för att analysera rådata från masspektrometribaserad proteomik. Målet är att generera ny kunskap om tumörbiologi, identifiera tumör antigener och koppla fynden till framväxande cancerterapier, särskilt riktade immunterapier. Bioinformatikern förväntas även utveckla verktyg som underlättar översättning av forskningsresultat till nya kliniska initiativ. Arbetsuppgifter: - Underhålla, stödja och uppdatera bioinformatiska pipelines för multi-omik, med särskilt fokus på att sammanställa sekvenseringsdata till transkript och översätta ORF:er till proteinsekvensdatabaser. - Leda utvecklingen av proteogenomik genom implementering av nya algoritmer och beräkningsinfrastruktur. - Utveckla verktyg som stödjer kliniska initiativ inom genomik och proteomik. - Integrera sekvenseringsdata från externa och offentliga resurser för att förbättra kliniska forskningsresultat. - Handleda postdoktorer, doktorander och teknisk personal inom bioinformatik och proteogenomik. - Ansöka om extern finansiering – både nationellt och internationellt. - Aktivt delta i akademiska, industriella och vård relaterade samarbeten som involverar omik baserade metoder för att förbättra cancerbehandling. Vem är du? Kvalifikationer - Doktorsexamen i bioinformatik, datavetenskap, biologi, medicin eller matematisk statistik. - Erfarenhet av cancerforskning och analys av storskaliga multi-omikdata relaterade till cancer. - Dokumenterad erfarenhet av utveckling av bioinformatiska verktyg och mjukvarupaket. - Djupgående kunskap i bearbetning av NGS-data från helgenomsekvensering och RNA-sekvensering; kunskap inom single-cell RNA-seq och spatial transkriptomik är meriterande. - Kunskap inom masspektrometri-baserad proteomik samt analys och tolkning av proteogenomikdata. - Bekantskap med immunterapi koncept och målinriktning av neo antigener. - Gedigen erfarenhet av bash-skriptning och arbete i HPC Linux/Unix-miljö. - God programmerings vana (helst i Python, SQL, Groovy, R, HTML, JavaScript och Bash). - God kunskap om cancerbiologi och translationell cancerforskning. - Erfarenhet av tvärvetenskapligt samarbete och att tillhandahålla bioinformatik stöd. - Erfarenhet av implementerings forskning. - Dokumenterad akademisk meritlista, inklusive publikationer i högt rankade och ofta citerade tidskrifter. - Goda kunskaper i engelska, både muntligt och skriftligt. Ytterligare meriter - Expertis inom webb programmering och utveckling av webb applikationer. - Expertis i hantering av stora datamängder genom design av strukturerade databaser (PostgreSQL, MySQL). - Kunskap inom maskininlärning, särskilt djupinlärning, för analys av proteomikdata och klassificering av cancerprofiler. Eftersom tjänsten innebär nära samarbete med flera forskare, läggs stor vikt vid personliga egenskaper såsom: - Mycket god samarbetsförmåga - Utmärkta kommunikations- och analytiska färdigheter Vad erbjuder vi? En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.   Placering: Science For Life Laboratory, Solna https://ki.se/om-ki/tio-skal-att-valja-karolinska-institutet https://lehtiolab.github.io/ Ansökan Varmt välkommen med din ansökan senast den 17 augusti. Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.  Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning. Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss