Bioinformatiker

We have the power of over 40,000 students and co-workers. Students who provide hope for the future. Co-workers who contribute to Linköping University meeting the challenges of the day. Our fundamental values rest on credibility, trust and security. By having the courage to think freely and innovate, our actions together, large and small, contribute to a better world. We look forward to receiving your application! We are looking for a Principal Research Engineer in Evolutionary Biology. The position For this position we are looking for a candidate with a strong background in quantitative genetics and bioinformatics. The project explores the molecular mechanisms underlying evolutionary transitions from domestication to re-wilding (feralisation) using a series of 500 feral chicken samples derived from Hawaii and Bermuda. In particular, the project will involve a large amount of Methylation-based Whole Genome Sequencing data (using data generated by a MeDIP-seq based approach). The project will require GWAS analysis of this methylation data (methQTL, n=400), as well as gene expression data (n=1500 transcriptomes) and phenotypic (behavioural) data on the same individuals. The aim of the project is to establish causation along the methylation - gene expression – phenotype axis to map the genes and polymorphisms underlying the genetic basis of methylation variation, and ultimately phenotypic variation. Multiple bioinformatic tools will be used, mainly centred around causation analysis. Representative papers for the methylation QTL analysis and the feral birds can be found in the following articles: Höglund et al. 2020 Nature Ecology and Evolution (https://doi.org/10.1038/s41559-020-01310-1), Johnsson et al. 2016 Genetics 202, 327-340, Johnsson et al. Nature Communications 7, 1-11. T The person we need The person we need has a strong background in quantitative genetics and bioinformatics. The following education, experience and expertise are required: • The position requires a doctorate or an equivalent degree from a foreign university, with this being awarded before the start date of the position. In addition, the following education, experience and expertise will strengthen an application: • Experience with methylation data analysis is desirable, as is expertise with GWAS/ QTL mapping. The workplace The position is located in the Biology Division at The Department of Physics, Chemistry and Biology (IFM) The employment 100% for 11 months and 20 days. The position will commence by agreement. Salary and employment benefits The university applies individual salaries. More information about employee benefits is available here. Union representatives Information about union representatives, see Help for applicants. Application procedure Apply for the position by clicking the “Apply” button below. Your application must reach Linköping University no later than 12 February, 2024. Applications and documents received after the date above will not be considered. We welcome applicants with different backgrounds, experiences and perspectives - diversity enriches our work and helps us grow. Preserving everybody's equal value, rights and opportunities is a natural part of who we are. Read more about our work with: Equal opportunities. We look forward to receiving your application! Linköping university has framework agreements and wishes to decline direct contacts from staffing- and recruitment companies as well as vendors of job advertisements.

Vi har kraften från över 40 000 studenter och medarbetare. Studenter som ger framtidshopp. Medarbetare som varje dag bidrar till att Linköpings universitet tar sig an samtidens utmaningar. Vår värdegrund vilar på trovärdighet, tillit och trygghet. Genom att vara modiga, tänka fritt och göra nytt skapar vi tillsammans, med stora och små handlingar, en bättre framtid. Välkommen att söka jobb hos oss! Vi söker nu en Förste forskningsingenjör inom Evolutions Biologi. Om jobbet Till denna tjänst söker vi en kandidat med en stark bakgrund inom kvantitativ genetik och bioinformatik. Projektet utforskar de molekylära mekanismerna bakom evolutionära övergångar från domesticering till återvildning (feralisering) med hjälp av en serie av 500 vilda kycklingprover från Hawaii och Bermuda. I synnerhet kommer projektet att involvera en stor mängd metyleringsbaserad datasekvensering av hela genomet (med hjälp av data som genereras av en MeDIP-seq-baserad metod). Projektet kommer att kräva GWAS-analys av dessa metyleringsdata (methQTL, n=400), såväl som genuttrycksdata (n=1500 transkriptom) och fenotypiska (beteende) data på samma individer. Syftet med projektet är att fastställa orsakssamband längs axeln metylering - genuttryck - fenotyp för att kartlägga de gener och polymorfismer som ligger till grund för den genetiska grunden för metyleringsvariation, och i slutändan fenotypisk variation. Flera bioinformatiska verktyg kommer att användas, främst centrerade kring orsaksanalys. Representativa artiklar för metylerings-QTL-analysen och de vilda fåglarna finns i följande artiklar: The methylation landscape and its role in domestication and gene regulation in the chicken | Nature Ecology & Evolution Om dig Vi söker dig som har en stark bakgrund inom kvantitativ genetik och bioinformatik. Du ska ha: • Till denna tjänst krävs en doktorsexamen eller en motsvarande examen från ett utländskt universitet. Det är meriterande om du har: • Erfarenhet med DNA metyleringsanalys och QTL-kartläggning Din arbetsplats Du kommer arbeta på Avdelningen för Biologi vid Institutionen för fysik, kemi och biologi, IFM. Om anställningen 100% visstidsanställning i 11 månader och 20 dagar. Tillträde enligt överenskommelse. Lön och förmåner Linköpings universitet tillämpar individuell lönesättning.  Läs mer om förmåner för anställda här. Fackliga kontaktpersoner Information om fackliga kontaktpersoner, se Hjälp för sökande. Ansökan Välkommen att skicka in din ansökan med CV och ansökningsbrev senast den 12 februari, 2024. Du söker denna anställning genom att klicka på knappen "Ansök" här nedan. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag kommer inte att beaktas. Vi välkomnar sökande med olika bakgrund, erfarenheter och perspektiv, det berikar och utvecklar vår verksamhet. För oss är det självklart att värna om allas lika värde, rättigheter och möjligheter. Läs om vårt arbete med Lika villkor. Välkommen med din ansökan! Linköpings universitet har upphandlade avtal och undanber oss direktkontakt från bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.

Vi har kraften från över 40 000 studenter och medarbetare. Studenter som ger framtidshopp. Medarbetare som varje dag bidrar till att Linköpings universitet tar sig an samtidens utmaningar. Vår värdegrund vilar på trovärdighet, tillit och trygghet. Genom att vara modiga, tänka fritt och göra nytt skapar vi tillsammans, med stora och små handlingar, en bättre framtid. Välkommen att söka jobb hos oss! Dina arbetsuppgifter Du kommer jobba med att utveckla en prototyp till ett högprecisionsverktyg för att med hjälp av AI klassificera DNA miljöfaktorer såsom biologisk ålder, BMI, rökning samt inflammation baserat på storskaliga metyleringsmönster. Du kommer för detta ändamål själv behöva leta fram relevanta tränings- och valideringsdata för protypen varför du behöver läsa och kritiskt granska många mikrobiologiska studier, utföra avancerade bioinformatiska beräkningar innehållande pipelines för att processa rådata men också för att hantera metoder för maskininlärning och artificiell intelligens. Du kommer för detta ändamål arbeta i programspråket Python Som postdoktor kommer du i huvudsak bedriva forskning. Även undervisning kan ingå i arbetsuppgifterna, dock till högst en femtedel av arbetstiden.  Dina kvalifikationer För att vara behörig till anställning som postdoktor  har du avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Din examen ska vara avlagd senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om din examen är avlagd högst tre år före sista ansökningsdag för denna anställning. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare, exempelvis vid olika typer av lagstadgade ledigheter. Du ska ha en examen inom bioinformatik eller närliggande ämne med vana att utveckla användarvänliga beräkningsverktyg som utnyttjar högdimensionella omik-data set. Du ska vara väl förtrogen i programmering i programspråket Python. Vana i matematisk modellering är också meriterande. Vi tror också att du har god vana i programmering men också goda kunskaper inom molekylärbiologi. Du är strukturerad, kommunikativ lagspelare med god förmåga att skriva akademiska texter på engelska. Din arbetsplats Du kommer att arbeta på avdelningen för bioinformatik som består av fyra forskargrupper med drygt 15 personer. Om anställningen Anställningen är en tidsbegränsad anställning på två år med möjlighet till förlängning med en sammanlagd anställningstid på högst tre år. Anställningen som postdoktor är på heltid. Tillträde snarast enligt överenskommelse. Lön och förmåner Universitetet tillämpar individuell lönesättning, lämna löneanspråk i din ansökan. Läs mer om förmåner för anställda här. Fackliga kontaktpersoner Information om fackliga kontaktpersoner, se Hjälp för sökande. Ansökan Du söker denna anställning genom att klicka på knappen ”Ansök” nedan. Din ansökan ska vara Linköpings universitet tillhanda senast den 12 december 2023. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag beaktas ej. Vi välkomnar sökande med olika bakgrund, erfarenheter och perspektiv, det berikar och utvecklar vår verksamhet. För oss är det självklart att värna om allas lika värde, rättigheter och möjligheter. Läs om vårt arbete med Lika villkor. Välkommen med din ansökan! Linköpings universitet har upphandlade avtal och undanber oss direktkontakt från bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet? Vi är ett akademiskt forskningslabb vid Karolinska Institutet (KI) och SciLifeLab i Stockholm, Sverige (https://www. hausserlab.org). Vi utvecklar nya metoder för datavetenskap och AI, validerade av experiment in vitro och in vivo, för att avslöja hur cancerceller flyr immunförsvaret och vägleda immunterapeutiska interventioner. Du får möjligheten att positionera dina experimentella färdigheter inom AI och datavetenskapsdriven transformation av biomedicin. Ditt uppdrag Du kommer att ha en central roll för både vår dagliga verksamhet som labb och för vår långsiktiga vetenskapliga potential. Dina ansvarsområden kommer att omfatta: - Ta in experimentell och teoretisk expertis inom cancer och immunbiologi. - Designa och utföra cellbiologiska och tumörimmunologiska experiment för att vägleda, kalibrera och validera vår datavetenskap och AI-metoder. - Säkerställa smidig daglig drift av experimentlabbet, inklusive säkerhet och inventering. - Mentorskap för labbmedlemmar i experimentella forskningsprojekt. - Främja dina egna forskningsprojekt. - Medförfatta manuskript, stödja bidragsskrivning. - Tidvis stödja huvudutredaren med icke-experimentella administrativa uppgifter. Kvalifikationer - Forskningserfarenhet på doktorandnivå inom experimentell biologi, helst inom cancer och/eller immunologi. - Erfarenhet av forskningstekniker för cancer och immunologi såsom immunfluorescensmikroskopi, 3D-cellodling, gnagarmodeller, FACS, NGS. - En öppensinnad, kreativ, problemlösande attityd när det gäller att identifiera eller lära sig experimentella tillvägagångssätt som är mest lämpade för specifika vetenskapliga frågor - God samarbets- och organisatorisk förmåga. - Erfarenhet och meritlista av framgångsrika mentorstudenter. - Ingen formell beräknings-/matematisk utbildning krävs för denna tjänst. Vi kommer dock att värdesätta förmåga och vilja att utveckla intuition för matematiskt tänkande vilket förutsätter ett framgångsrikt samarbete med bioinformatiker och matematiker på labbet. - På samma sätt krävs inga praktiska beräkningsfärdigheter. Tidigare erfarenhet av R/python-skript, kör bioinformatikpipelines ( till exempel CellRanger , Samtools, STAR, Seurat, ...), kör bildanalyspipelines (som CellProfiler, ImageJ, Qpath, ...), eller använder en Linux-server via kommandoraden kommer att värderas. Vad erbjuder vi? - En möjlighet att positionera dina experimentella färdigheter inom den AI och datavetenskapsdrivna transformationen av biomedicin. - Flexibilitet: Heltids- eller deltidsanställning är möjlig. - En stimulerande vetenskaplig miljö och toppforskningsinfrastruktur. KI är bland världens främsta medicinska universitet och Nobelförsamlingen vid Karolinska Institutet utser pristagarna i fysiologi eller medicin. - SciLifeLab som vi är anslutna till är det svenska nationella centrumet för molekylär biovetenskap med hög genomströmning, med världsledande forskning inom områden från rumslig biologi till cancer. - Hög livskvalitet. Stockholm toppar konsekvent rankingen av städer med högsta livskvalitet över hela världen.  En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.   Placering: Stockholm Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla Ansökan Varmt välkommen med din ansökan senast den (datum). Vi ser helst att din ansökan skrivs på engelska, men du kan även ansöka på svenska. En ansökan måste innehålla: - Personligt brev (1 eller 2 sidor) där du beskriver hur din erfarenhet uppfyller våra kvalifikationskrav. - Ett kortfattat CV - En publikationslista Välkommen att ansöka senast:  16:e december 2023. Ansökan ska lämnas in genom rekryteringssystemet Varbi. Ansökningar kommer att granskas löpande och vi kan komma att påbörja intervjuprocessen innan sista ansökningsdag. Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss

The Swedish Museum of Natural History is a government agency with a mandate to promote knowledge, research and interest in our world. It is a prominent research institution and Sweden's largest museum. For more than 200 years, the museum has been collecting specimens and data and conducting research on life on earth. The collections contain more than 11 million plants, animals, fungi, environmental samples, minerals and fossils. All research and knowledge are shared in the exhibitions, Cosmonova and in activities at the museum and digitally. In the Department of bioinformatics and genetics, we are using information technology and genetic methods to study biological diversity and evolution. We are now looking for a postdoc focused on probabilistic machine learning and probabilistic programming for evolution and biodiversity. The position will be placed in the research group led by professor Fredrik Ronquist (https://ronquistlab.github.io/). The group has a long track record of developing statistical analysis software for phylogenetics and related areas. WORK TASKS You will work within a highly collaborative, interdisciplinary team aiming to develop the next generation of tools for probabilistic inference in evolution and biodiversity. The work is funded by the Swedish Research Council, the Knut and Alice Wallenberg Foundation, and the Swedish Foundation for Strategic Research, among others. The team includes computational biologists, computer scientists and evolutionary biologists at KTH Royal Institute of Technology, BI Norwegian Business School, Université Claude Bernard Lyon 1 and the Swedish Museum of Natural History. The general goal is to separate model specification from the implementation of the inference machinery through universal probabilistic programming (see https://www.nature.com/articles/s42003-021-01753-7). This paves the way for the development of probabilistic machine learning, which extends partially specified models through the application of generative methods to large datasets. The team is about to release the first version of the TreePPL platform (https://treeppl.org), which represents an important first step in this direction. The successful candidate will work with evolutionary biologists and biodiversity researchers in developing and implementing probabilistic models in TreePPL that address challenging scientific problems in areas such as host-parasite evolution, diversification, online tree inference or species circumscription. In particular, we expect the candidate to extend the TreePPL inference machinery to support efficient inference for these models, using novel inference strategies or novel combinations of current techniques like Markov chain Monte Carlo, sequential Monte Carlo, and parallel tempering. We also expect the candidate to extend the framework with generative machine learning capabilities. The work will involve documentation of the platform, teaching at user workshops, and other outreach activities. The project runs until 2026-12-31, and if successful, can be extended further. QUALIFICATIONS We are looking for a candidate with a PhD in a relevant field, such as computational statistics, computer science or bioinformatics. For a position as postdoctoral research fellow, the degree should have been completed no more than three years before the closing date (excluding any period of parental leave, sick leave or equivalent). We will also consider applicants with a PhD from more than three years ago. Experience of postdoctoral research would be advantageous. We expect you to have a solid background in and experience of advanced modelling and statistical analysis, including the design or development of new models or inference techniques. We also expect some previous exposure to probabilistic programming and machine learning algorithms. Experience with modeling and analysis of relevant problems, such as inference of phylogeny from genetic data or analysis of environmental DNA data, would be advantageous. Similarly, previous experience with machine learning would be an asset. The work requires excellent skills in written and oral communication in English. We are looking for a candidate with strong analytical and communicative skills, and who is results-oriented. OTHER We advance our knowledge of the natural world, inspiring to better care of our planet. Our ambition is that the employees of The Swedish Museum of Natural History shall represent the diversity in Sweden and we welcome every applicant. We have decided upon choices for marketing. Therefore we decline contact with sales agents, recruitment sites and similar.